Căderea regimului dictatorial, la sfârşitul anului 1989, găseşte biserica implicată în lucrarea de construcţie a noului lăcaş de închinare, lucrare începută în dimineața zilei de 12 iunie 1989. La sfârșitul anului 1989 numărul membrilor din registrul bisericii era de 847. Capacitatea vechiului lăcaș de cult era de circa 500 de persoane, iar spațiul era insuficient, având în vedere că, pe lângă cei 847 de membri, în fiecare duminică veneau musafiri și vizitatori. Am fost nevoiți să extindem sonorizarea în curte, spre disperarea unora dintre vecinii de la blocuri. În condițiile în care nu dispuneam de o stație de amplificare bună, am fost nevoiți să improvizăm stații care să poată asigura o sonorizare rezonabilă. Când vremea permitea, afară erau puse bănci și oamenii puteau asculta programul și predica.
Trebuie menționate câteva aspecte referitoare la lucrarea de construcție a bisericii. După mulți ani de așteptare, în anul 1987 Dumnezeu deschide o ușă, prin colaborarea cu domnul arhitect Emanoil Tudose, în vederea extinderii vechiului locaș de cult. El a fost personajul uman cheie, care a riscat foarte mult pentru a concepe planul de acțiune. în vederea îndeplinirii acestui obiectiv. Autorizația primită atunci era de reparație capitală a vechiului lăcaș de cult, reparație care s-a transformat într-o construcție superbă la acea dată și în condițiile avute.
Comitetul bisericii la acea dată era format din: Mihai Huşanu, Ioan Achim, Paul Bărbătei, Gheorghe Cosman, Petru Farc, Valer Fărcaş, Dumitru Marcu, Ioan Mezei, Ambrozie Morar, Saul Pandrea, Eugen Popa, Constantin Rusu, Constantin Rodilă, Cornel Vereş și Ioan Vereş.
Pe lângă implicarea și dedicarea unor frați din biserică în construcția noului lăcaș de cult, anul 1990 a însemnat demararea unor activități la care până atunci nici nu îndrăzneam să visăm. În luna mai am fost vizitați de fratele Wurmbrand, iar în luna iunie am participat activ la evanghelizările de la Sala Sporturilor și Stadionul Orășenesc. Din toamna anului 1990 începe lucrarea misionară la orfelinatele de la Gilău și Huedin.
La data de 17 iunie 1990 fratele Mihai Hușanu se pensionează, după o activitate fructuoasă. În luna septembrie sunt ordinați ca diaconi frații: Dragomir Bojan, Valer Fărcaș și Ioan Suciu, în vederea completării lucrării de slujire.
În 20 ianuarie 1991, biserica îi alege ca păstori pe frații Gheorghe Cosman și Petru Farc. Viziunea pe care o avea conducerea Bisericii Mănăștur de atunci a fost aceea de a pune în mișcare tot Trupul lui Hristos, astfel încât fiecare familie să fie o biserică în Cluj, având casa și inima deschise spre rugăciune, părtășie și studiu, spre adâncirea în Cuvântul lui Dumnezeu și o trăire înaltă.
După un an și 11 luni de muncă asiduă, la data de 11 mai 1991 are loc inaugurarea noului lăcaș de cult. Tot în anul acesta începe și misiunea în închisori, prin distribuirea de pachete de Crăciun deținuților de la penitenciarul Gherla. Din luna septembrie încep întâlnirile de luni seara cu tinerii, întâlniri susținute de fratele Beniamin Fărăgău.
În luna martie se ia hotărârea de cumpărare a casei și terenului aferent de pe strada Ciocârliei, pentru viitoarea biserică din Mărăști, iar în data de 5 aprilie 1992 are loc constituirea Bisericii Creștine Baptiste Mărăști. În 23 martie 1992, fratele Petru Farc anunță că a fost ales păstor la Bistrița, iar în 13 septembrie 1992 are loc ordinarea fratelui Cornel Vereș ca păstor. La sfârșitul anului 1993 numărul membrilor a ajuns la 1209. Am menționat numărul membrilor fiindcă din anul 1994 începe migrarea unor membri și deschiderea mai multor biserici în cartierele Clujului. Ca și prezbiteri au fost aleși, în această perioadă Neculai Reperuc, Nicolae Antonie (plecat în veșnicie) și Salahoru Marcel – în 1992 (plecat odată cu Biserica Teofania), iar Lazăr Victor în 1993 (plecat în veșnicie).
În data de 5 mai 1993 se hotărăște cumpărarea terenului de pe strada Răvașului, pentru a doua biserică în Mănăștur. În cursul anului 1994 se deschide Biserica Baptistă Betel Mănăștur, iar o parte dintre membrii de la Biserica nr.1 Mănăștur se transferă la biserica nou înființată.
În 7 decembrie 1994 se cumpără o casă în Sutor și se deschide o biserică-misiune acolo.
În anul 1996 se deschide Biserica Creștină Baptistă Mărăști și o parte dintre membrii bisericii noastre se transferă aici.
Sfârșitul anului 1999 consemnează cel mai mare număr de membri la Mănăștur, 1331. Tot în anul acesta încep demersurile pentru o biserică în cartierul Grigorescu. În anul 2000 se cumpără casa de la familia Duhanes și în 21 noiembrie 2001 are loc prima întâlnire a Bisericii Evlavia din cartierul Grigorescu.
Este de menționat aici ajutorul fraților noștri din America (în special Harry Dent și Jesse Powers) precum și sprijinul bisericii partenere din Leeds. Cu ajutorul lor s-a cumpărat și în Florești imobilul de pe strada Cuza Vodă, unde s-a construit lăcașul de cult al Bisericii creștine baptiste din Florești.
Membrii Bisericii Mănăștur s-au implicat în proiecte sociale de anvergură. Printre acestea enumerăm:
- în 2006, la Cosmești – reconstrucția caselor după inundații și plantarea bisericii locale.
- în 2007, la Cîrna, Plosca, Goicea, Rastul Nou – reconstrucția caselor după inundații și plantarea de biserici locale.
- În 2009, la Tecuci – ajutor acordat familiilor din biserica locală, pentru s-și repara casele după inundații. Astfel de ajutoare au mai fost acordate la Urișor și Dorohoi, prin implicarea tinerilor.
De asemenea, după anul 2000 în Biserica Mănăștur au fost aleși ca lucrători, Aurel Abrudan (pastor) – în 8 aprilie 2001, Kenneth Tucker (pastor) – în 31 martie 2002, Mircea Veja (prezbiter) – în 17 septembrie 2006, Radu Bocăniciu (prezbiter) – în 17 septembrie 2006, Marius Abrudan (prezbiter)- în 17 septembrie 2006 Antonio Gabriel Bob (prezbiter)- în 17 septembrie 2006, Cristian Țiplea (prezbiter) – în 28 martie 2010 și Daniel Bruda (prezbiter) – în 28 martie 2010.
În anul 2015 fratele Aurel Abrudan împreună cu un grup de membri ai bisericii noastre au decis să formeze o altă biserică și anume Biserica Via. Apoi, în anul 2016 fratele Gheorghe Cosman s-a pensionat din slujirea ca pastor al bisericii.
Din data de 9 septembrie 2018, pastor al bisericii Mănăştur este fratele Daniel Lacatoş.